1993年5月在中国科学院数学研究所获得计算机专业理学博士。 同年6月进入中国科学院计算所博士后流动站, 从事知识工程方面的博士后研究工作, 1995年7月完成科研任务出站。几年来,曹存根先后出访澳大利亚昆士兰大学计算机系、德国不莱梅大学人工智能实验室、新加坡国立大学、日本大板大学、哈佛大学医学院、麻省理工学院计算机科学实验室、爱丁堡大学。于1999年10月份回国工作